內憂包括太平天國的崛起和各地反清勢力的興起,如天地會和殮黨;外患則是英、法、美、俄等國為擴大在華權益,逼迫清朝開放更多通商口岸並承認鴉片貿易合法化,導致英法聯軍攻擊廣州和天津,最終兵臨北京。
太平天國迅速攻佔長江中下游的江蘇、安徽、江西、湖北、湖南等省的部分地區,動搖了清朝的統治權位,嚴重威脅清朝的穩定。
殮黨最初活躍於安徽、河南、山東三省交界的農村,約50人結成一殮,暗中進行反清活動,後來在咸豐二年年底,殮黨首領張樂恆等人聚集萬餘人,建立殮軍,攻擊地方官府。
咸豐五年六月,張樂恆被推舉為盟主,號稱「大漢明命王」,將殮軍分別隸屬黃、藍、紅、黑、白五旗,各設總目指揮本旗軍隊,使殮軍的作戰能力大大加強。
清朝下令各省鄉紳組織團練打擊殮軍,其中以河南省漢城縣鄉紳袁甲三所領導的團練最有成效。
英法聯軍藉口清朝未滿足其增加對華權益的要求,如開放更多通商口岸和承認鴉片貿易合法化,聯合出兵攻擊廣州,俘虜兩廣總督葉名琛,佔據廣州城。
咸豐十年八月,英法聯軍進攻天津,兵臨北京城下,咸豐皇帝慌忙逃走去熱河避暑山莊避難,由恭親王奕訢留守北京,向英法聯軍求和。
北京條約包括賠償軍費、增加開放通商口岸、准許外國使者留住北京、准許鴉片貿易,並將九龍半島割讓給英國。
肅順了解百姓疾苦,並且清楚滿洲權貴的腐化情況,他在宮中任職侍衛期間經常向咸豐皇帝陳述政治利弊,因此得到信任。
肅順致力於肅清貪污舞弊,懲處了不少貪官,削減滿洲人的一部分特權,提拔有才能的漢人擔任實際職務,使清朝的貪污舞弊情況稍有改善。
咸豐皇帝身體欠佳,且擔心恭親王奕訢挾洋人威勢對自己不利,因此回京的日期一拖再拖,最終宣告在咸豐十一年秋天回京。
咸豐皇帝立皇長子載淳為皇太子,並安排八位皇公大臣輔助,一切政令必須由皇后與皇太子生母二貴妃蓋印確認,以確保皇權不被皇公大臣侵奪。
同治皇帝繼位後,皇后紐祜祿氏被稱為東宮皇太后,生母葉赫那拉氏為西宮皇太后,兩宮皇太后掌握最後的政治決策權,與輔政大臣尤其是肅順的摩擦越來越嚴重。